重大新药专项中，明确规定了研发方向，甚至具体到研究靶点——如“结合特发性肺纤维化等疾病治疗药物新靶点”，再分别对靶点的项目给予支持。

“设计好的，能叫创新？”一位新药专项申报指南编写专家组成员对《财经》记者说，有话语权的专家会把自己看好的靶点列入其中，“相关利益团队更容易申请到经费”。

上述报告指出，“政府在科研基金的分配方面行政干预过多，往往规定了严格的标准和条件，在生物医药领域的部分科研基金，甚至会指定资助对某些特定靶点的研究，不利于鼓励创新性成果的产生。”

从某种程度上，企业在政府的引导下进行创新研发投入，是帮助政府分担了科技创新的风险，而非政府分担企业的风险。

从指定规划，到申请经费、结题审评，这相当于政府送钱搞创新，“只剩下‘跑关系’了”。上述创业总裁说，新药专项申报中论资排辈太严重，“有很多桌子下的交易”。

一旦对国家科研经费的垄断形成，不但投入效率低下，学术腐败也接踵而至。有些项目初期基础研究、预可研都没做，就能拿到拨款；重复投入、重复研究普遍存在，专项资金挪作他用更是不在少数。

“看着科研经费被滥用的数据，很是痛心。”中国财政科学研究院研究员王泽彩告诉《财经》记者，智能制造、手机芯片相关的专项中的某个项目组，甚至挪出三分之二、上亿元的项目资金炒基金。目前，一些违规操作已被移交司法机关。

2006年颁布的《国家中长期科技发展规划纲要》，被认为是历史上企业参与度最高的一次。“过去的科技规划是保密的，不让公众、企业参与。”一名曾全程参与的专家告诉《财经》记者。

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