这一时期，新兴市场国家则面临着开放经济条件下“三元悖论”的现实冲击。1980年代拉美债务危机和1990年代亚洲金融危机，使得金融学教科书上讲述的开放经济条件下资本自由流动、固定汇率制和货币政策独立性不可兼得的“三元悖论”，变成了现实的案例，同样也被写进了新的教科书。究其根源，这些国家大多是在没有充足监管改革和能力的情况下进行了金融系统的自由化，尤其是资本账户开放，与此同时却保持了僵化的固定汇率安排。

这一时期，人民银行实现了货币政策调控框架的一次重大转型，从直接调控转向现代意义上的间接调控。

人民银行90年代开始重点研究货币政策与货币供应量之间的关系，1994年开始试公布货币供应量，并且作为货币政策监测分析指标，1996年将其作为货币政策中间目标。随着以货币供应量为主要中介目标的货币政策框架逐步形成，央行内部就“是否继续保留贷款规模指标”进行了大讨论，最终决定取消贷款规模控制。与此同时，围绕如何把人民银行办成真正的中央银行，央行内部针对央行主要职能、中央银行的货币政策体系、健全金融法规、强化金融监管以及改革人民银行财务制度等问题，进行了深入研究和反复探讨，取得了一系列研究成果。1993年发布的《关于金融体制改革的决定》汲取了上述成果。正是在这样的研究背景下，人民银行逐步缩小直接政策干预范围，最终在1998年以取消信贷规模管理和启动人民币公开市场操作为标志，形成了以广义货币供应量为中间目标、以通胀为主的多重目标、综合运用多种政策工具、符合现代意义的数量调控为主间接货币政策调控框架，实现了货币政策调控框架的第一次重大转型。

第三个十年是从20世纪90年代末到2008年国际金融危机爆发的“大缓和”时代后十年，关于金融自由化的研究成为主流，也导致了全球范围内的监管放松。

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