跨界地区一体化体制机制的改革创新需要针对地区发展不协调、区域发展差异大出现的问题症结来展开。跨界地区之间发展协调难度较大，客观上在于跨界地区分属于不同的行政主体，资源整合困难，从各自利益和权限出发，合作深度受到局限。主观上，多层级跨界合作和一体化制度缺失，无法平衡跨界合作的成本—利益格局，使得跨界合作难以达成一致。

从多层级行政管理及治理体系看，第一，中央对地方的多项管理基本上按照行政层级推进，这在很大程度上限制了地方政府的管控要素和有限控制之手伸到临近地区。

第二，长三角现有的省、市、县等各级政府之间的合作协作机制，缺乏顶层设计和契约机制，不能约束双方的合作行为，地区合作只能借助高层级的跨区域规划和协商协作平台，内部协调合作规则不稳定。往往在一些专项领域，沪苏浙皖四方政府可能在会议中签署和达成了一些协议，而现实操作中特别是在没有更高层次行政意志和约束性法律法规的条件下，很多达成的合作意向因各方利益冲突而难以落实，或因领导换届、规划调整等原因最终不能落地。

第三，市场化及民间的协作有待加强，企业与民间组织，包括协会、商会在内的民间机构并未有效参与到一体化的合作协调中，非政府组织的灵活性特点没有得到充分发挥。内部管理协调由官方行政部门推进，缺少市场和民间力量的配合，使得一体化工作推进较难、实施效率较差。

为此，一体化的体制机制探索宜针对跨界地区规划管理、资源环境、公共服务、要素流动等不协调问题及体制机制掣肘障碍，按照成本共担、利益共享原则，坚持以市场化主导，以改革创新开放制定和设计市场统一开放、规划协调有序、发展功能协同互补、设施服务共建共享、生态环境联防共治的区域协调发展新机制。

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