即使不考虑最容易引发社会不平的财政转移支付，仅就潜在“促增长”效应而言，区域经济一体化组织也存在天然缺陷，对较大经济体尤其如此。

首先，一份区域自贸协定或许可以满足一个贸易小国、经济小国的大部分乃至绝大部分对外经贸需求，但不可能满足一个较大经济体的对外经贸全部需求。上世纪80年代以来，正是因为这个原因，日本在对待区域自贸协定的态度上长期冷淡。

不仅如此，对于区域自贸协定参与方而言，区域自贸协定成为潮流也削减了参与的利益，而提高了参与的成本，最典型的问题莫过于“意大利面条碗效应”（Spaghettibowleffect）。如果全世界区域自贸协定只有寥寥几份，那么参与方的企业在利用其潜在利益时需要耗费的原产地证书等成本不多，对生产和贸易的扭曲也不算大；问题是现在区域自贸协定之多，已经难以胜数，出口多个国家市场的企业可能需要准备多个原产地证书，由此大大提高了成本，压缩了收益。而且，为了能够在出口产品时享受到最终目标市场的最低关税政策，企业往往不得不在不同国家间转移生产产品，这些在不同国家间转移的路线犹如一个碗里的意大利面一样绞在一起，剪不断，理还乱。其他条件相同，越是资本和技术密集程度高的产业，规模经济效益越是突出，上述“意大利面条碗效应”对其生产布局和贸易流向的扭曲就越大，企业额外承受的成本也就越高。正是在这种情况下，在一些区域自贸协定下，不少企业干脆失去了申办原产地证书、享受该协定下优惠的积极性，因为这样一路兴师动众折腾下来，所得净收益无几，甚至可能是负收益。在东盟自贸区内部和中国-东盟自贸协定内部，这种情况都曾相当突出，以至于我国有关部门为向国内企业推广中国-东盟自贸区原产地证书花费了很大功夫。

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