我国军工企业都是国家经营企业，即俗称的国有企业。通过混改把这种特殊的国有企业改造成多种产权共治的满足多种政策目标的现代公司，在公司治理上要比像通用动力这种公司面临更大的难度和挑战，需要更多的法律和经济智慧。比如，根据现代公司治理的基本原理，即委托代理理论，公司把经营决策权赋予董事会，即董事会中心主义。但是，董事会的经营决策必须以投资者回报最大化为判断标准。为了抑制董事会可能的机会主义，公司法对董事施加受托义务。如果董事的经营决策违背了价值最大化目标，董事就违背了受托义务，将承担相应的法律责任。同时，为了保护董事正常的商业判断，防止董事为了避免承担法律责任而缩手缩脚，不思进取，贻误商机，公司法又创造了商业判断规则，即董事在正常商业判断范围内所做出的决策受到法律保护。这一套制度体系适用于普通商业公司或者通用动力这种军民融合公司都不是问题，但是在我国的政治和经济环境下，军工企业混改后的军民融合公司既要承担盈利功能，又要承担国防建设功能，传统的公司治理法律理论与规则设计适用于我国的军民融合公司就面临法律挑战。所以，必须在公司治理制度上有所创新。可以说，军工企业混改的过程，也是公司治理制度的创新过程。

第二，资本市场维度。军工企业混改的目标是通过产权改革，把产权单一、封闭、僵化、激励不足的国有军工企业改造成产权多元、开放、清晰、富有活力和竞争力的现代军民融合企业。通过企业形态的微观改造，契合军民两用市场融合的宏观改革。让改造后的军民融合企业进入统一的军民两用市场，满足国防建设和经济建设的需要。一般地，军民融合企业要进入资本市场，成为开放性的公众公司，才能圆满地完成混改的目标。

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