从燃料电池构成的成本来看，电堆是其主要组成部分，其他材料包括石墨、聚合物膜、钢等。过去，电堆中主要使用铂金催化剂，但其资源稀缺且成本较高，随着技术的进步，铂金催化剂的使用比例已有所降低。不过，与国际水平相比，国内燃料电池成本依然较高。

中国工程院院士衣宝廉曾表示，国内车用燃料电池电堆的体积比功率均在每立升2千瓦以下，国际已大于3千瓦，国内使用同样体积的材料只能提供三分之二的功率，因此电堆成本高于国际水平。再加上关键材料与部件的进口导致车用燃料电池系统很贵，整车造价高。

海马集团董事长景柱指出，氢燃料电池技术，中国和日本大概差了20年。林程表示，系统方面没太大问题，模组和单体等核心技术还得依靠国外，中国在最核心领域没有自己的东西，如果大规模发展燃料电池汽车，会对国外形成严重依赖。

除了技术问题，燃料电池汽车基础设施建设成本高昂，也制约了其发展速度。截至2018年，中国共有25座建成的加氢站，但多数仅供示范车辆加注使用，暂未实现全商业化运营。根据交能网数据，目前国内加氢站建设成本较高，建设和运营经验也很欠缺，中国一个日加氢能力为200kg的加氢站成本约为1000万元，远高于充电桩建设投入。上海一个建设成本2000多万的加氢站，只能给20~30辆车充电。中国加氢站的建设成本为海外的1.5~2倍，且中国国土面积较大，难以大规模铺开。此外，氢气的运输条件也十分苛刻，运输难度和要求较高。

从使用便利性来看，氢燃料电池车的加氢流程与燃油车加油相似，仅需3~5分钟即可完成，优于纯电动车，更加符合消费者的用车需求和习惯，但加氢过程中需要进行静电消除、手机禁止带入等严格、繁琐的准备要求，又会成为消费者的困扰。

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