本土制药企业的变革逐渐萌生胎动迹象。1983年3月，安徽繁昌制药厂34岁的女助理工程师朱国琼，面对企业连年亏损，和七个年轻人一起，向县委递交了承包药厂的“责任状”，医药行业“承包制”的第一声惊雷就此打响。此后，药厂承包潮，在全国各地蔓延开来。

进入到上世纪90年代，日后在行业里“叱咤风云”医药大佬们纷纷在这个时候登上历史的舞台。1990年，在连云港制药厂（恒瑞医药前身）陷入进退维谷之际，时年32岁、技术员出身的孙飘扬被委以重任，出任厂长。在孙飘扬的主导之下，连云港制药厂坚持以开发抗癌药作为突破口，日后成为了我国医药行业的“市值一哥”、“研发一哥”。

1993年，曾因“莫须有”的诬告而受到不公正的处理的徐镜人，重新回到他曾一手创办的扬子江制药厂。彼时的扬子江制药厂，也处在“奄奄一息 ”状态。在徐镜人的掌舵下，扬子江制药厂以中药产品为基础，不断扩大规模，日后也发展成为了中国最大的处方药企。

1995年，原本在中外合资药企担任职业经理人的刘革新，毅然辞职，拿着借遍亲戚朋友的一百万元，对四川新都的一家胶囊厂进行技术改造，由此发展成为了四川科伦大药厂。日后，刘革新成为了中国“输液大王。”

这样类似的故事还有很多很多。90年代起的这十年时间里，亦是跨国药企进入中国市场高潮阶段。中国本土药企在这个时候频繁崭露头角。

90年代末21世纪起，中国本土医药巨头又进入合纵连横时代，先后有双鹤药业并购滨湖药业、牡丹江药业等12个企业，后有太太药业控股丽珠药业，再有华立集团控股昆明制药等，企业间的并购潮一波接着一波。

2015年以前，在中国本土企业茁壮成长、不甚热闹的年代里，不能掩盖的一个尴尬现实是，多数药企从事仿制药居多，从事创新药研发的却寥寥无几。我国的仿制药企业，在全球医药产业链中，并不占据优势地位，主要开发以附加值低的仿制药为主，国际议价能力偏弱，企业研发创新能力偏弱。如从中国与全球药品销售排名前列的品种看，国外一般都是专利药，其药效较为明确，满足临床需求，而国内基本是中药注射剂以及专利过期药（原研药）。因此，此时我国只是个仿制药大国，还远远称不上是医药强国。

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