《决定书》显示，华达基因存在规范运作程度不高的问题。一是华大基因部分实际执行的财务制度是华大控股的财务制度；二是存在华大基因关联方员工参与公司研发、审批和项目跟进工作的情形，如深圳华大生命科学研究院的博士宋某，参与了2017年和2018年两个研究项目，且作为第一个项目研究成果中一项专利的第一发明人。

华大基因也有向关联方预付款项金额超过合同约定的情形。“经查，你公司子公司深圳华大基因生物医学工程有限公司与你公司关联方深圳华大智造科技有限公司（下称“华大智造”）签订的合同编号为13100-600086号采购合同，合同金额为1.28亿元，合同约定付款方式为‘100%预付’，但实际在合同签订后你公司支付了1.59亿元。”

对此，华大基因在4月7日下午的公告中称：“公司以往发生的日常关联交易与2019年度日常关联交易预计事项主要系向关联人采购商品、采购固定资产、采购服务、提供测序服务、房屋租赁等日常经营性交易，为符合企业生产经营需要而发生的正常交易事项，有利于公司与关联人发挥双方在业务上的互补协同效应，提高各自的经营效益，关联交易遵循诚实信用、等价有偿、公平自愿、合理公允的基本原则，依据市场价格和成本加成的原则，协商定价、公平交易，不存在损害公司及中小股东利益的情形。”

不过在过去华大基因的公告显示，关联采购并没有完全遵从“依据市场价格和成本加成的原则”，而绝大部分是“成本加成”的原则。

2017年年报显示，华大基因向华大智造（同受最终控股股东深圳华大基因科技有限公司控制）采购固定资产（测序仪组件）和采购商品（试剂耗材）分别为2.1亿元和8229万元，占同类交易比例的23.34%和9.12%。两种产品的采购合计近3亿元，交易原则为“成本加成”。

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