正如他在2011年的回忆录《创意人》中所说，他无意中听到了盖茨和鲍尔默密谋减少他所持股份的讨论。艾伦写道：“他们抱怨，我最新的产出不足，并讨论如何通过向自己和其他股东发行期权来稀释我持有的微软股份。”此后，艾伦愤然离开，但他在公司董事会的职位一直保留到2000年。

艾伦生前总爱说：“如果有可能做成的话，我们应该去做。”在老搭档盖茨眼里，他就是这么一个人。盖茨发表声明称：“我为挚友保罗的离世万分心痛。从我们一起读书到创建微软，以及回来一起做慈善项目，保罗是一位真正的合作者，没有他就不会有个人电脑的存在。保罗并不满足于创立一家公司，他用自己的智慧和热情不断为改善类人福祉而努力，并且为西雅图的社区建设做出巨大贡献。”

作为一位技术的先驱，艾伦的离世也震动了美国科技界。谷歌CEO皮查伊（SundarPichai）、苹果公司CEO库克（TimCook）、亚马逊创始人杰夫·贝佐斯（Jeff Bezos）纷纷发声表达遗憾和怀念。

推动脑科学的巨人

在艾伦退出微软公司之后，他创立了Vulcan公司，开展慈善事业，艾伦还对神经科学和人工智能等众多前沿科技领域进行资助。2003年，艾伦出资5亿美元，建立了艾伦脑科学研究所（AllenInstituteforBrainScience），目标是为科学家提供探索大脑工作方式所需的工具和数据。

《福布斯》记者马修·赫珀尔（MatthewHerper）称其为“医学界的曼哈顿项目”。目前，该研究所已绘制了自己的人脑图谱。这是艾伦为神经科学事业所做的最大贡献。在美国脑计划（BRAINinitiative）中，艾伦脑科学研究所是美国国立卫生研究院（NIH）以外的主要独立研究机构之一。

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