这意味着对合伙企业转让股权所得至自然人合伙人时，应按照5%~35%缴纳个税。

安永税务服务合伙人糜懿全告诉第一财经记者，总局此次进行清理统一按照现有法律规定的5%~35%超额累进税率征税，符合国家现有法律法规和国际惯例。但是，由于税率从此前的20%上升到最高的35%后，会影响投资者通过合伙企业的形式去投资。

一位上海创投机构合伙人告诉第一财经记者，这对行业影响很大，影响的是有限合伙企业中的自然人。

第一财经记者了解到，杭州已有部分创投机构近期按照35%的税率补缴了税款。根据媒体报道，一些其他地方创投机构也相继被当地税务部门要求来补缴税款。

一位地方税务人士告诉第一财经记者，此前几年当地一直对合伙企业转让股票收入分配给自然人合伙人按20%征税，但这一行为在今年已经被上级部门叫停，正在等待税务总局协调。

糜懿全解释，目前税务部门对合伙企业层面并不征企业所得税，而是按照国际惯例对具体合伙人进行征税，合伙企业合伙人是自然人的，缴纳个人所得税；合伙人是法人和其他组织的，缴纳企业所得税。根据现行法规，合伙企业生产经营所得和其他所得采取“先分后税”的原则，即不管收入是否真的分配至个人，都应该按照相应的收入分配比例来交税。

前述创投机构合伙人表示，公募基金的个人投资者是按20%征收个税，同样是投资收益，为什么支持新经济的私募股权投资要承担更高的税收？这样对企业来说税负较高，而且投资亏损的部分不能抵扣也不公平。

“一些地方按照最高35%征税是合法合规的，一些地方对投资性收入按照20%征税虽与现行法律不一致，但也有一定的合理性，下一步税法参照国际惯例在这方面可以更加完善。”糜懿全说。

为了鼓励合伙企业加大对科技创新投入，近些年国家税务总局出台了新政来减轻创投企业税负。比如，今年7月1日起，国家在全国范围内，全面实施创业投资企业和天使投资个人税收优惠政策。

具体内容包括，对有限合伙制创业投资企业采取股权投资方式直接投资于初创科技型企业满2年的，该合伙创投企业的个人合伙人可以按照对初创科技型企业投资额的70%抵扣个人合伙人从合伙创投企业分得的经营所得；当年不足抵扣的，可以在以后纳税年度结转抵扣。符合条件的天使投资个人也享受同样的优惠。

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