按此思路发展，孙飘扬继续在新药研发道路上发力。1991年，连云港制药厂斥资120万元，用于收购中国医科院药研所开发的抗癌新药异环磷酰胺的专利权。当时120万元对于连云港制药厂来说相当于一年的总收入，在投资前景并不明朗的情况下，孙飘扬顶着压力开始了规模化试生产和临床研究，最终于1995年获批上市，同时也在这一年通过美国FDA(美国食品药品监督管理局)认证。当时，我国抗癌药极为匮乏，这款新药一上市就成为明星产品，连云港制药厂也借此成为抗癌药物领域的龙头厂商。1996年，药厂营收破亿元大关。

截至目前，恒瑞医药的药品种类也主要集中在抗肿瘤、麻醉、造影剂等药物上。2017年其抗肿瘤药物营收占比达41%。

持续增高的研发成本

不过，当时的连云港制药厂生产的药物几乎都是仿制药，即专利保护到期的药物。据业内人士称，因仿制药价格低廉、销路良好，所以目前我国97%的药物仍是仿制药。

对于生产仿制药还是自主研发新药，孙飘扬的态度明朗，仿制药可以让企业生存，但绝不可能成为企业的核心竞争力，药厂要想持续发展就必须有自己的创新产品和体系，走“仿创结合”的发展路径。但与此同时，他也认为，新药既可以打开市场，也可以毁掉市场。新药必须在品质上达到或优于生产规范要求，才能在国内外市场中真正立足。

在新的思路下，连云港制药厂在1997年更名为恒瑞医药，且做了股份制改造，于2000年10月在上交所上市。

自2000年开始，恒瑞医药着手创新药的立项工作，于2003年开始第一个创新药艾瑞昔布临床申请。据其资料，2001~2017年，恒瑞医药累计申报了26个创新药的临床，其中，艾瑞昔布与阿帕替尼分别于2011、2014年获批上市。

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