2003年，中国计划成立北京生命科学研究所，并以全球招聘的方式，从20多位应聘人选中选拔出美国得克萨斯大学西南医学中心教授王晓东、耶鲁大学终身教授邓兴旺担任共同所长。当王晓东收到北京生命科学研究所聘书的时候，他毅然做了回国的决定。

作为科技体制改革的试验田，这一“开历史先河”的研究所从创立之日起，身上就有诸多托付和期盼。王晓东更是从回国那一刻起，就在思考如何在中国做出影响世界的科学。他表示：“最重要的任务，就是怎样建立符合科学发展的文化和体制环境，并以此为载体，吸引有科学训练和科学追求的年轻人回国。”

回到国内，王晓东的工资收入比过去减少了一半。他对第一财经记者开玩笑说道，创办百济神州也有这部分原因。“这（创办企业）是出于社会责任，也是出于家庭责任。”王晓东说，“当时我的工资减了一半，太太也辞去工作跟着我回来，虽然她很顾全大局，但是我们压力很大，难免抱怨。”

各种机缘巧合的因素下，王晓东和几个志同道合的朋友一起成立了百济神州，专注于癌症治疗的创新型分子靶向和肿瘤免疫药物的研发。这些人当中也包括百济神州的CEO欧雷强（John Oyler）。

王晓东和欧雷强的交情，要追溯到2003年王晓东刚刚回国创立北京生命科学研究所的时候。他和欧雷强创办的北京保诺（Bio-Duro）生物科技公司在同一个园区。直到现在，百济神州的总部就位于北大清华生命科学联合中心的对面。

2010年，有投资人找到王晓东，希望他能在美国旧金山湾区创立医药公司。湾区是和美国波士顿齐名的生物医药创新谷，那里聚集了大批的华人科学家和创业者。投资方同时还给王晓东带去一个消息：“欧雷强的保诺公司刚刚卖了。”

于是王晓东就约欧雷强吃饭。两人在饭桌上决定一起去湾区创业。做抗癌药物是欧雷强的想法。他认为，创业应该在中国，因为中国当时已经成为全球仅次于美国的第二大医药市场，而癌症发病率的增长和病人的增加，让这个市场有非常多未满足的需求。

欧雷强说服了王晓东，2011年百济神州诞生。王晓东依然在科学院上班，公司的日常经营由欧雷强主管。王晓东在百济神州不担任管理职务，仅象征性地担任科学顾问委员会主席，但他是公司的大股东，掌握着决策权。

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