财政拨款是高校最直接的经费来源，也是经费基础。其中最重要的是来自教育部的财政拨款，这部分收入除了生均拨款外，更多的是项目拨款。因此，重点学科多的高校获得的经费也越多。

教育学者、21世纪教育研究院副院长熊丙奇告诉第一财经记者，好的大学资源更为丰富、师资力量更强、重点学科更多，因此能获得的经费也会比较多。但目前以项目拨款为主的财政拨款，容易产生马太效应，拉大学校之间差距。他认为，要减少项目拨款，提高生均拨款的比例，鼓励学校向社会募捐，扩大高校办学自主权。

事实上，近年来，政府部门也加大了对中西部高校的支持。去年初，教育部召开支持和提升中西部高等教育发展座谈会，部署启动部省合建工作。会议强调，要通过部省合建这一新的机制和模式，在尚无教育部直属高校的省份，按“一省一校”原则，重点支持河北大学、山西大学、内蒙古大学、南昌大学、郑州大学等14所高校建设。

陈宝生曾表示，在不远的将来，这些高校将快速成长为中西部高等教育的“排头兵”，向“国家队”水平迈进。

除了教育部的财政拨款外，地方财政对当地高校的支持也很重要。一般来说，经济发达的地区，地方财政实力雄厚，能够给予当地高校的支持也会更多。比如近年来广东、江苏等发达省份都给予当地高校高额的补贴。

一线城市深圳被称为“中国最缺大学的城市”，但得益于地方财力雄厚，近年来其在高教方面的投入十分惊人，引进了一系列国内外名校创办深圳校区。根据当地媒体报道，随着深圳高等教育快速发展，对其财政投入也进一步加大，在去年已达到140亿元的基础上，今年将增加至近180亿元，投入规模仅次于北京、上海。

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