华大智造也一直是华大基因核心供应商。华大基因2017年年报显示，华大基因向华大智造采购固定资产（测序仪组件）和采购商品（试剂耗材）分别达2.1亿元和8229万元，占同类交易比例的23.34%和9.12%，两种产品的采购合计近3亿元。

华大基因也因此成为华大智造大客户。公告显示，华大智造2017年收入为5.03亿元，净利润为619.22万元，华大基因采购额贡献了近6成营收。

进入2018年后，华大基因不断增加2018年度预计日常关联交易额度。华大基因2018年11月一份公告显示，预计2018年华大基因向华大智造、华大智造子公司武汉华大智造科技有限公司采购额合计为4.26亿元。

2018年上半年，华大智造营收为2.76亿元，净利润为4954.17万元；武汉华大智造科技有限公司营收为5673.44万元，净利润为1079.72万元。

但深圳证监局下发的《关于对深圳华大基因股份有限公司采取责令改正措施的决定》显示，华大基因与华大智造关联交易出现了预付款项金额超过合同约定的情形。编号为13100-600086号采购合同合同金额为1.28亿元，约定付款方式为100%预付，但实际在合同签订后华大基因支付了1.59亿元。

深交所问询函要求华大基因解释，编号13100-600086号和13100-600121号采购合同的签订时间，合同约定的付款条款，包括不限于支付金额、时间安排等，向华大智造支付1.59亿款项的支付时间，是否构成关联方非经营性占用公司资金。

华大基因的软肋

除了华大智造，华大基因的软肋还体现在其它关联公司上。

《决定书》显示，华大基因存在规范运作程度不高的问题。一是华大基因部分实际执行的财务制度是华大控股的财务制度；二是存在华大基因关联方员工参与公司研发、审批和项目跟进工作的情形，如深圳华大生命科学研究院的博士宋某，参与了2017年和2018年两个研究项目，且作为第一个项目研究成果中一项专利的第一发明人。

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