据介绍，指导原则是通用性、一般性指南，不同的应用部门可按照不同的需求选择以下不同的应用方式。比如检验检测机构可使用指导原则开展两项活动，即主动对标——检验检测机构可结合监管部门的要求、客户的需求和自身发展的需要，主动对照指导原则，对本机构的能力水平和所处层级进行自我定位，全要素对比来进行规划建设；能力建设——根据对标情况，检验检测机构可对照相应层级要求开展能力建设，提高自身检验检测能力，满足监管部门和客户的需求。监管部门可使用指导原则开展3项活动，即规划设计——结合其监管需求和监管辖区范围内药品、化妆品等产业等实际情况，系统规划和设计辖区范围内不同层级检验检测体系的建设；体系建设——结合监管实际需求，对规划建立的不同层级检验检测机构，采用指导原则或在指导原则的基础上调整设定能力建设指标要求，并指导检验检测机构开展能力建设；考核评价——对纳入体系建设的检验检测机构，可按照能力建设指标要求设定合理的评价权重，开展考核或评价。

此外，根据各自需求，指导原则应用部门可对能力建设指标要求进行重组、组合，以及设置不同的权重来使用。比如除已列出的4个一级指标和16个二级指标外，药品、化妆品等检验检测机构能力建设还有其它可以参考和应用的指标，如管理体系、客户满意度、检验数量和社会贡献等。指导原则应用部门可根据实际需要对能力建设指标进行重新组合，并设定各指标要求。

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