此外，华大基因和中国烟草系统渊源也颇深。

根据华大基因上市前发布的招股说明书，其2016年的最大客户为中国烟草总公司，主要提供基础研究服务，销售额近7000万元。

2017年5月5日，中国烟草还与华大基因签署战略合作协议。国家烟草专卖局局长、中国烟草总公司总经理凌成兴出席签字仪式并致辞。国家局副局长杨培森和华大基因集团董事长汪建代表双方签署《中国烟草总公司——深圳华大基因科技有限公司战略合作框架协议》。

凌成兴当天表示，回顾过去，中国烟草与华大基因开展了广泛深入的合作，取得丰硕成果。展望未来，中国烟草与华大基因具有深远的合作前景，将实现合作共赢。双方战略合作将为烟草行业“打造三个新优势、调动两个积极性”战略目标的实现提供引领、推动和支撑作用。

凌成兴还提到，双方共建烟草分子育种联合研究院和烟草与健康联合研究院，将进一步推进烟草农业生物技术革命、绿色发展变革、生产方式革新，从烟草基因源头上进一步推进中式卷烟降焦减害工作，为消费者提供更优质的产品、更优良的服务。

值得一提的是，今年7月，虎嗅网《华大癌变》一文曾质疑华大基因帮助烟草系统生产“降焦减害卷烟”的行为。华大基因随后回应，华大基因为中国烟草总公司及其下属公司提供基础研究服务，主要承担基因组测序和生物信息分析，双方合作属于科研范畴。

华大基因称，通过烟草基因组和吸烟人群的研究，改进烟草育种，并筛选出吸烟致病高危人群的基因位点，更好地降低吸烟风险，提前对于青少年或吸烟人群进行健康预警，从而达到精准预防和正向社会引导等效应。

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